復合微生物肥料內含的多種功能性微生物進入土壤后，在生長繁殖過程中產生大量的次生代謝產物，這些產物能夠促進土壤團粒結構的形成。

團粒結構的形成使土壤變得疏松、綿軟，保水保肥性能增強，水、氣、熱更加協調，減少土壤板結，有利于保水、保肥、通氣和促進根系發展，為農作物提供舒適的生長環境。

土壤理化性狀的改善，加強了土壤有益微生物的活動，從而最大限度促使有機物分解轉化，產生多種營養物質和刺激性物質，反過來又刺激微生物的生長發育，促進作物生長，最終達到增產增收的目的。

另外，功能性微生物在作物根系周圍形成優勢種群，抑制或拮抗有害病原菌的生長繁殖，減輕了作物發生病害的程度，進而起到增加產量的目的。

1、 活化土壤，提高土壤肥力

復合微生物肥料含有大量有益微生物，能分解有機殘體，形成土壤腐殖質，改善土壤結構和理化性狀，可將植物不能吸收的物質轉化為有效養分，供植物吸收利用。肥料進入土壤后，微生物在有機質、無機營養元素、水分、溫度的協助下大量繁殖，減少了有害微生物群體的生存空間，從而增加了土壤有益微生物菌的數量，微生物菌產生大量的有機酸可以把多年沉積在土壤中的磷鉀元素部分溶解釋放出來供作物再次吸收利用,長期使用后土壤將會變得越來越疏松和肥沃。

2、抑制病害，增強抗逆性

復合微生物肥料施入土壤后，放線菌能釋放抗生素類物質，有利于消滅病原微生物。有益微生物在植物根系周圍形成優勢菌群，使病原微生物難以繁殖。復合生物菌可誘導植物的過氧化物酶、多酚氧化酶、葡聚糖酶等參與植物對有害微生物的防御反應。施用復合微生物肥料，作物生長健壯，增強作物的抗病能力。

3、促進生長，增產增收

復合微生物肥料施入土壤后，有益微生物在土壤中迅速繁殖，會產生多種對作物有益的代謝產物。這些代謝產物可刺激或調控作物生長，使作物健壯，達到增產目的。不僅給作物生長提供所需的NPK和中微量元素外，還能為作物提供有機質和有益微生物活性菌。 除此之外，微生物肥料中的一些菌種還可以分泌一些刺激素維生素等以刺激作物生長，使作物健壯，營養狀況得到改善。

4 、提高品質，改善口感

復合微生物肥料改善作物的營養供應，特別是增加了有機質、腐殖酸、氨基酸等有機營養，有利于作物糖分的積累，提高產品的含糖量，解決了偏施化肥所造成的“菜不香、果不甜”的難題。施用復合微生物肥料可降低農產品中的硝酸鹽含量，增加還原糖和維生素C的含量。

5、節約能源，降低污染

大量施用化肥、農藥，使土壤受到不同程度的污染，產生一定的毒性。生長在受污染土壤的作物，除了造成生長障礙外，其產品還會對人類帶來危害。消除土壤污染是環境治理的重要內容。復合微生物肥料的肥效持續時間長，可以減少化肥的施用量，并且它本身無毒無害。復合微生物肥料具有降解和轉化土壤中有毒物質的能力。這種生物修復是土壤修復的各種措施中最經濟有效的措施。